Hiện ở 21 tỉnh biên giới của Việt Nam được thành lập làm khu kinh tế cửa khẩu hoặc được áp dụng chính sách khu kinh tế cửa khẩu tại đó, do Thủ tướng Chính phủ hoặc chính quyền địa phương ra quyết định. Khu được thành lập sớm nhất vì mục đích thí điểm là Khu Kinh tế Cửa khẩu Móng Cái (Móng Cái, tỉnh Quảng Ninh). Sau đây là danh sách các khu kinh tế cửa khẩu xếp theo tỉnh lần lượt từ tỉnh phía Đông sang phía Tây, phía Bắc xuống phía Nam.

Trước năm 2015, chính phủ Việt Nam có kế hoạch bổ sung thêm 4 khu kinh tế cửa khẩu là A Đớt ở Thừa Thiên Huế, Nậm Cắn - Thanh Thủy ở Nghệ An, Na Mèo ở Thanh Hóa, Khu kinh tế cửa khẩu Long An ở Long An. Từ năm 2015 đến 2020 bổ sung thêm 3 khu kinh tế cửa khẩu là La Lay ở Quảng Trị, Đắk Per ở Đăk Nông, Đắk Ruê ở Đăk Lăk.[1]